В отличие от всех рассмотренных выше городов, город Чичен-Ица дважды переживал периоды расцвета. После того как он был покинут в классические времена, в конце X столетия происходит его возрождение, и в последующем в течение почти трехсот лет он вновь переживает период расцвета, затмивший своим великолепием его прежние достижения.
По всей видимости, город был основан в середине V столетия нашей эры на равнине рядом с двумя большими подземными источниками воды (сенотами), но за исключением того, что он был покинут приблизительно в конце VII столетия, мало что известно о ранних периодах его истории.
Затем, по мнению ряда ученых, во второй половине X века после гражданской войны в мексиканском государстве толтеков, чья столица Тула находилась в 50 милях от Мехико, значительная часть потерпевших поражение толтеков была вынуждена отправиться в изгнание. 

Под предводительством вождя по имени Кетцалькоатль (на языке толтеков, на языке майя – Кукулькан) они пересекли на кораблях Мексиканский залив и высадились на побережье Юкатана. Здесь они оказались в «вакууме», возникшем в результате того, что по каким-то необъяснимым причинам майя покинули многие свои древние города. Они обосновались в городе Чичен-Ица, перестроили его и сделали своей столицей.
Однако изложение этих фактов вносит путаницу в предание о народе ица, который был племенем майя, ранее проживавшим в этом регионе. 

Они, вероятно, покинули город Чичен-Ица в более ранние периоды и расселились вокруг прибрежного города Чаканпутун. 

Впоследствии они, видимо, объединились с толтеками, и возникшее сообщество часто именуют народом ица.
Археология в будущем, несомненно, прольет свет на эту загадку. Во всяком случае, возникшей после 987 года нашей эры в Чичен-Ице великолепной цивилизации присущи мексиканские черты. Люди поклонялись мексиканским богам, особо почитаем был изображаемый пернатым змеем бог, представлявший собой одну из ипостасей обожествленного героя Кетцалькоатля-Кукулькана. В архитектуре возникают новые стили, имеющие тесную связь с архитектурой отдаленной Тулы, а в самом городе явно господствовало чужое воинственное племя, главенствующее положение в котором занимали воины Ягуара и Орла.
В наше время город Чичен-Ица стал знаменит своим священным сенотом. В течение многих веков город являлся местом паломничества. Целые поколения майя бросали в этот священный водоем дорогие подарки и даже человеческие жертвы, его исследование современными археологами дало богатый урожай различных ценностей майя.
В 1194 году между Чичен-Ицей и Майяпаном вспыхнула гражданская война, в которой Майяпан одержал победу. Правители Чичен-Ицы, известные по хроникам как ица, были изгнаны, но город не был полностью покинут простыми жителями. Было прекращено строительство новых зданий, а существующие приходили в негодность. По всей видимости, часть правителей ица была доставлена в качестве заложников в Майяпан, но другие, спасаясь бегством, пересекли Юкатан и в конце концов достигли берегов отдаленного озера Петен-Ица, где основали город Таясал, последний независимый город-государство майя в Центральной Америке.