Известный археограф П. М. Строев, изучая старинные тексты в патриаршей библиотеке, заглянул однажды в сундук с полуистлевшими и разрозненными свитками и бумагами, которыми ризничий этой библиотеки собирался топить печь. Строев упросил служителя отдать ему сундук. Среди действительно истлевших и негодных старых бумаг он нашел двенадцать свернутых трубкой столбцов разных размеров и одну тетрадь — подлинное дело о суде над современником Степана Разина знаменитым реформатором церкви патриархом Никоном, обвинявшимся, между прочим, и в сношениях с Разиным. Известно, что Разин распространял слух о том, что патриарх Никои плывет вместе с ним по Волге к Москве. В подтверждение этого он даже приказал обить один из стругов своей флотилии черным бархатом.Первоначально хранившееся в Приказе тайных дел судное дело Никона было разделено на две части еще при царе Алексее Михайловиче. Двенадцать свитков и одна тетрадь были переданы в Посольский приказ и затем перенесены в патриаршую Крестовую палату, откуда они, очевидно, и попали в патриаршую библиотеку; другие же были при Петре I перевезены в Петербург и сданы в сенатский архив.Пересмотрев найденные в сундуке столбцы, Строев обнаружил среди них между прочим и копию наказа, данного ярым противником Никона патриархом Иоакимом своему подчиненному архимандриту Павлу. В наказе говорилось о переводе разжалованного в монахи Никона из первоначально назначенного ему места ссылки — Ферапонтова монастыря — в более строгий Кирилло-Белозерский монастырь. В качестве одной из причин этого перевода приводилось обвинение Никона в том, что он совещался «с ворами и изменниками Московского государства, с единомышленниками Стеньки Разина». Они якобы звали Никона принять участие в захвате Кириллова монастыря, а потом вместе с ними отправиться на Волгу.«А вор и изменник Стенька Разин с товарыщи, — утверждал наказ, — и сами с пыток говорили, что от тебя к ним, в воровское их войско в Синбирск, на такой их злой совет и чернец был послан».Обвинение это было основано на доносе князя Самойла Шай-супова, приставленного к бывшему патриарху для наблюдения. О попытках Степана Разина привлечь Никона на свою сторону последний сам однажды откровенно рассказал Шайсупову. Тот поспешил донести об этом царю, и в монастырь немедленно прибыл из Приказа тайных дел для расследования голова московских стрельцов Ларион Лопухин.В наказе упоминается о том, что на основании доноса Шай-супова в Тайном приказе была составлена памятка для Лариона Лопухина, с помощью которой он и должен был производить расследование. В этой, очевидно, впоследствии утраченной памятке было, между прочим, сказано: «…Никон монах говорил князю Самойлу Шайсупову, что… к нему, в Ферапонтов монастырь, приходили трое казаков, Федька да Евтюшка, а третьему имя припамятовал, а звали де его, Никона, с собою, чтоб с ними шел к Кириллову монастырю. А их де пришло до него двести человек; а есть де готово и пятьсот человек. И чтоб Степана Наумова убить до смерти и Кириллов монастырь разорить и с той большой казною и с пушки и с запасы итти на Волгу».В наказе Никону ставилось в вину, что «если бы он хотел добра», то не умолчал бы о таком преступном предложении подосланных Степаном Разиным казаков, а велел бы их задержать той самой страже, которая стерегла его, Никона, и отвести в Москву, к государю. А он, уже после того, как восстание было подавлено, рассказал об этих казаках князю Самойлу Шайсупову, да и то «закрытым делом». «А какие люди были отобраны для приведения исполнения этого плана, и где двести человек донских казаков стояло, и каких чинов пятьсот человек приготовлено, и в которых местах, и кто заводчик, то не сказал», и в этом именно и состоял его злой умысел и «недоброхотство».«Да на то же ево зломыслие, — утверждал наказ, — и в деле явилось: как Стенька Разин привезен к Москве и в то время в расспросе у пытки и со многих пыток и с огня сказал: приезжал к Синбирску старец от него, Никона, и говорил ему итти вверх Волгою, а он, Никон, со своей стороны пойдет для того, что ему тошно от бояр!.. И тот де старец из-под Синбирска ушел. А сказывал де ему тот старец, что у Никона есть готовых людей с пять тысяч человек, а де люди у него готовы на Белоозере. И тот старец на бою был, исколол своими руками сына боярского при нем, Стеньке. А товарыщ ево, Стенькин, Лазорка, в расспросе же и с пыток и с огня сказал, что старец от Никона к Стеньке приходил на Царицын и был под Синбирском, а для чего приходил, того не ведает. А от Стеньки слышали всем войском, что старец от Никона был с теми словами, что писано выше сего. Да и брат Стеньки Фролко говорил с пыток те же речи».Выслушав приказ царя и патриарха Иоакима о переводе его в отдаленный Кирилло-Белозерский монастырь, бывший патриарх Никон подтвердил, что у него были посланцы от Степана Разина, но они якобы были приведены к нему под конвоем стрельцов. Имен же тех стрельцов Никон не мог вспомнить. И эти казаки, добавил Никон, действительно говорили ему, что у них есть отряд, человек двести или больше, в Белозерском уезде, а что это за люди и где стоит этот отряд, они ему не сказали. «А к Разину де, к Синбирску, — закончил монах Никон свое признание, — старца никакого он не посылывал и про пять тысяч людей не приказывал и вверх Волгою звать Разина не велевал».Таков второй документ, из которого следует, что Степан Разин давал показания на допросах.
